Tanggal 21 April 1962 telah diresmikan berdirinya Taman Pendidikan Indonesia di Jepang. Peresmian ini dilakukan pada saat upacara peringatan hari Kartini. Bapak R. Bambang Sugeng selaku Duta Besar Republik Indonesia untuk Tokyo meresmikan berdirinya Taman Pendidikan Indonesia tersebut. Sejak saat itu setiap tanggal 21 April selalu dirayakan sebagai hari ulang tahun Taman Pendidikan Indonesia di Jepang yang kemudian berubah nama menjadi SRIT. Nama Sekolah Republik Indonesia Tokyo (SRIT) resmi baru ada saat upacara bendera tanggal 17 Agustus 1963 dan kemudian dikukuhkan sebagai sekolah yang statusnya disamakan dengan sekolah-sekolah negeri di Indonesia dengan surat keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia nomor 83 tertanggal 1 september tahun 1963. Pada saat itu baru diresmikan ada tiga jenjang pendidikan di SRIT yaitu TK,SD dan SMP dengan jumlah siswa seluruhnya berjumlah 45 orang siswa. Dan berlokasi di Pondok OWIT (Organisasi Wanita Indonesia Tokyo).

Tanggal 1 Februari 1965 untuk pertama kalinya jenjang SMA di buka di SRIT dengan jumlah siswa SMA sebanyak 5 orang siswa. Pada tanggal ini juga lokasi SRIT dari Pondok OWIT pindah ke Wisma Indonesia yang megah, dengan perlengkapan yang bagus, memiliki sport hall yang besar dan lapangan olahraga yang luas yang lokasinya terletak di daerah Setagaya. Pada 30 Mei tahun 1966 untuk pertama kalinya didirikan POMG (Persatuan Orang tua Murid dan Guru) yang kini berubah nama menjadi BP3 (Badan Pembantu Penyelenggara Pendidikan).

Tahun 1968 jumlah siswa SRIT pernah mencapai 158 siswa dan di tahun yang sama pertama kalinya SRIT meluluskan jenjang SMA dengan jumlah lulusan sebanyak 7 orang siswa. Pada 5 Mei 1969 atas prakarsa POMG didirikan perpustakaan SRIT yang pertama kali.

Tahun 1970 Wisma Indonesia yang megah dan luas di jual oleh KBRI sehingga SRIT pindah ke Minami Bamba, di sebuah gedung tua bekas Bank Mitsui. Sehingga kehampaan dan keterasingan dirasakan baik oleh siswa maupun guru-guru dan karyawannya. Di Minami Bamba ini berjalan selama satu tahun. Tahun 1971 SRIT pindah dari Minami Bamba ke gedung Balai Indonesia yang baru dibangun di wilayah Meguro (hingga saat ini). Meskipun tidak semegah Wisma Indonesia yang dijual itu, keberadaan SRIT di Meguro ini cukup mengobati kerinduan siswa dan guru untuk menjalani proses pendidikan di tempat yang layak. Tanggal 2 februari tahun 1972 diresmikan berdirinya perpustakaan SRIT dan Laboratorium Fisika, Kimia dan Biologi.

Pada tahun ajaran baru di tahun 1972 ini terjadi perubahan besar, yakni semua guru boleh mengajar dari tingkat SD sampai SMA, sehingga semua jenjang baik siswa maupun gurunya saling mengenal dan lebih dekat, sebelumnya dilakukan secara terpisah (Guru SD tidak boleh mengajar SMP dan SMA begitu juga sebaliknya).

Pada bulan Desember 1972 ruang perpustakaan berubah fungsi menjadi ruang musik sehingga ruang perpustakaan dipindahkan ke tempat gudang yang sempit, gelap dan lembab. Tahun 1973 terjadi sejumlah perubahan dan perbaikan antara lain diterbitkannya sejumlah tata tertib sekolah, termasuk tentang kewajiban siswa kelas III SMA untuk membuat Karya tulis diakhir tahun dan diterbitkannya slide-slide ilmu pengetahuan dari tingkat SD sampai SMP yang didukung dari dana international Tokyo. Tahun 1974 hari belajar dirubah dari 6 hari menjadi 5 hari dan di tahun yang sama diciptakan lagu Mars SRIT oleh pak Ischak dan diterbitkannya majalah sekolah pada waktu itu disebut majalah pelajar. Tahun 1976 SRIT menggunakan kurikulum nasional 1975. Pada ulang tahun SRIT yang ke 14 diadakan kegiatan acara malam kesenian yang cukup besar dibanding tahun-tahun sebelumnya. Komunitas masyarakat Jepang juga diundang, terutama penduduk sekitar SRIT. Tahun 1983 siswa SRIT mencapai jumlah terbanyaknya yakni sebanyak 164 siswa.

Periode tahun 1983 hingga tahun 1990-an SRIT telah banyak meluluskan alumninya dan kuliah di sejumlah perguruan tinggi negeri terkemuka baik di Indonesia, di Jepang, di negera-negara Eropa maupun Amerika. Periode ini adalah juga periode dimana diskusi-diskusi tentang pendidikan dan psikologi sangat sering dilakukan di kalangan guru untuk meningkatkan kinerja dan profesionalisme guru dalam mengajar. Berbagai kegiatan dengan sekolah-sekolah Jepang dan lembaga-lembaga Jepang dan internasional seperti UNESCO juga mewarnai aktifitas SRIT pada periode ini.

Partisipasi siswa SRIT dalam kegiatan –kegiatan besar juga terjadi antara lain pada kegiatan Sixth Universal Harmony World Children Art Exhibition dan pada kegiatan 4th International Goodwill Children’s Big Physical Festival. Pada periode ini juga perpustakaan kembali di perbaiki atas prakarsa dari BP3 dan perbaikan beberapa ruang. Meskipun dalam periode ini SRIT sempat hampir ditutup sebagai dampak krisis moneter yang terjadi di Indonesia pada tahun 1998.

Periode tahun 2000-an SRIT yang hampir ditutup karena kekurangan dana itu, namun berkat bantuan Bapak Soemadi (Duta Besar RI untuk Tokyo pada saat itu) yang memberikan bantuan berupa dana yang sangat besar untuk SRIT, akhirnya SRIT masih bisa menjalankan aktifitasnya. Ditahun 2003 SRIT telah resmi diakui keberadaanya oleh Departemen Pendidikan Jepang, dan dengan demikian lulusan SRIT bisa langsung mengikuti test masuk ke Universitas di Jepang. Kalau sebelumnya kita harus mengikuti ujian persamaan dulu dengan SMA Jepang dan bahkan harus sekolah di sekolah Jepang dahulu, tetapi sejak tahun 2003 itu lulusan SRIT bisa langsung ikut test ke semua Universitas di Jepang. Untuk meningkatkan profesionalisme dan kompetensi guru, SRIT mengirimkan guru-gurunya untuk mengikuti pelatihan guru luar negeri di Jakarta atas prakarsa Departemen Pendidikan Nasional dan Departemen Luar Negeri Republik Indonesia. Pelatihan ini kemudian diadakan secara rutin tiap tahun di Indonesia.

Dalam hal kegiatan sekolah, kegiatan-kegiatan rutin yang merupakan kegiatan kerjasama dengan sekolah Jepang dan organisasi-organisasi di Jepang yang telah berjalan selama puluhan tahun juga teruss dilakukan misalnya dalam kegiatan Kanto International School Festival, Ashikaga School Festival, Kokusai School Festival, Yoshida School, Yoron Adventure School & Fujiyama Camping – KSKK, Takasaki International Junior Club dan Ski Trip & Competition). Pada periode ini juga dilakukan kerjasama dengan sekolah Jepang lainya seperti Nishi Tsuma School – Yokohama Prefecture dan dengan organisasi-organisasi internasional di Jepang seperti Japan Indonesia Association (Japinda), serta dengan sekolah asing lainya antara lain dengan Korean School.

Di tahun 2004 hingga tahun 2005 ini kegiatan-kegiatan diplomasi budaya juga terus ditingkatkan termasuk dengan sekolah-sekolah Jepang lainya (Kaminaka School – Fukui Prefecture, Daiichi Hino School) maupun lembaga-lembaga yang ada di Jepang, bahkan dengan sekolah asing lainya. Berbagai kegiatan study lapangan juga terus ditingkatkan untuk mendekatkan siswa dengan dunia IPTEK secara lebih nyata dan aplikatif. Hal ini dilakukan antaralain dengan melakukan study lapangan ke MESCI (Museum of Emerging Science and Innovation) dan ke Maintenance Facility ANA Airplane- Haneda Airport. Berbagai kegiatan ekstrakurikuler juga terus ditingkatkan antara lain dengan mengadakan ekstrakurikuler jurnalistik dan KIR (Kelompok Ilmiah Remaja), musik traditional, musik modern, tari tradisional, pencak silat & sport, dan kegiatan pramuka. Termasuk juga kegiatan OSIS dan kegiatan pembinaan kepemimpinan siswa. Misalnya dengan mengadakan latihan Dasar kepemimpinan Siswa dan Pelatihan Peduli Lingkungan di wilayah Hakone. Pembuatan majalah Sekolah (Harbang) dan ulang tahun sekolah (HUT SRIT) sebagai media diplomasi budaya.

Berbagai kegiatan kompetisi antar siswa juga dilakukan dalam rangka membiasakan siswa untuk berkompetisi termasuk dalam hal penguasaan bahasa asing. Karenanya pada akhir tahun 2004 diadakan kegiatan Foreign Language Competition yang memperlombakan kemampuan bahasa Inggris dan bahasa Jepang siswa siswi SRIT. Berbagai kompetisi dengan siswa Jepang dan komunitas Jepang lainya juga dilakukan, antara lain dalam kompetisi Floor Ball dan Futsal. Pada periode ini juga dilakukan sejumlah perbaikan fasilitas terutama karena dukungan dari Departemen Pendidikan Nasional dalam bentuk subsidi dana pendidikan (block grant) untuk SRIT, sehingga sejumlah fasilitas sekolah seperti lab Komputer beserta jaringan internetnya, lab bahasa dan penambahan peralatan laboratorium Fisika, Biologi dan Kimia bisa dilakukan.

Pada awal tahun 2005 ini fasilitas Sekolah makin ditingkatkan karena diperoleh kembali dukungan dari dana subsidi pendidikan (block grant) Departemen Pendidikan Nasional. Dana subsidi tersebut digunakan antara lain untuk membuat jaringan internet di setiap kelas, sehingga seluruh siswa bisa mengakses internet dari meja belajarnya di kelas. Selain itu juga digunakan untuk pembuatan website resmi Sekolah Republik Indonesia Tokyo yang akan dimanfaatkan selain sebagai media infromasi juga sebagai media pembelajaran yang efektif dan memungkinkan untuk mengembangkan konsep e-learning system. Hal ini dilakukan sebagi persiapan untuk menjadikan SRIT sebagai sekolah yang memiliki standard international school pada tahun 2009.

Berbagai kegiatan juga terus ditingkatkan hingga skala international, hal ini dilakukan antara lain dengan turut berpartisipasi dalam kegiatan Japan Education Forum (JEF). Bantuan pemerintah melalui Departemen Pendidikan Nasional dan Departemen Luar Negeri dibawah koordinasi KBRI Tokyo juga diberikan untuk kelangsungan SRIT.

Selain itu pada awal tahun 2005 ini juga dilakukan pembaruan tata tertib sekolah yang sudah berumur lebih dari 29 tahun. Hal ini dilakukan untuk lebih meningkatkan disiplin siswa dan dalam upaya pembentukan karakter siswa Sekolah Republik Indonesia Tokyo kearah yang lebih baik. Selain itu, kurikulum berbasis kompetensi yang kemudian dikenal dengan kurikulum 2004 serta pengembangan muatan lokal Jepang juga dimatangkan penerapanya pada periode ini. Hal ini dilakukan juga sebagai bagian dari upaya untuk menyiapkan SRIT sebagai Sekolah yang memiliki standard international dalam beberapa tahun ke depan.